Ústav imunologie v současné době disponuje čtyřmi průtokovými cytometry, které pokrývají všechny potřeby analýzy imunokompetentních buněk jak pro výzkumné, tak pro diagnostické účely.
Průtokový cytometr BD FACS ARIA IIu s možností sortování buněk
Průtokový cytometr BD FACS LSR II Fortessa
Průtokový cytometr BD FACS Canto II pro rutinní měření
Zobrazovací cytometr Amnis ImageStream Mark II, který umožňuje zobrazovat lokalizaci fluorescenčního signálu na buňce
